O Departamento Regional de Lisboa encontra-se organizado por secções:

1.ª Secção – Com competência em matéria de criminalidade violenta, económico-financeira, altamente organizada ou de especial complexidade. Encontra-se sedeada em Lisboa. Tem competência territorial para as comarcas que integram a Procuradoria-Geral Regional de Lisboa (Comarcas de Lisboa, Lisboa Norte, Lisboa Oeste, Madeira e Açores).

2.ª Secção – Núcleo de Ação Penal (NAP) da SEIVD de Lisboa, com competência territorial para a área do município de Lisboa.

3.ª Secção – Núcleo de Família e Crianças (NFC) da SEIVD de Lisboa, com competência territorial para a área da 2.ª secção.

4.ª Secção – Núcleo de Ação Penal (NAP) da SEIVD do Seixal, com competência territorial para a área dos Municípios de Almada, Barreiro, Moita, Montijo e Alcochete.

5.ª Secção – Núcleo de Família e Crianças (NFC) do Seixal, com competência territorial para a área da 4.ª secção.

6.ª Secção – Núcleo de Ação Penal (NAP) da SEIVD de Sintra, com competência territorial para a área dos Municípios da Amadora, Mafra e Sintra.

7.ª Secção – Núcleo de Família e Crianças (NFC) de Sintra, com competência territorial para a área da 6.ªsecção.

Na SEIVD de Lisboa do DIAP Regional de Lisboa funciona, ainda:

O GIAV – Gabinete de Informação e Atendimento à Vítima: Espaço Cidadania e Justiça. Criado na sequência de Protocolo entre a Cooperativa de Ensino Superior Egas Moniz e o DIAP de Lisboa, tem intervenção primordial em matéria de assessoria técnica nas áreas da psicologia forense (avaliação e intervenção com vítimas de crime).

O RIAV – Resposta Integrada de Apoio à Vítima – espaço multidisciplinar de intervenção e acompanhamento às vítimas de violência doméstica, que, 24H/24H, todos os dias da semana, proporciona uma resposta integrada por parte de agentes da PSP e Técnicos de Apoio à Vítima com formação específica em violência doméstica.